そうだったのか
http://ja.wikipedia.org/wiki/メガライナー:detail]
現在は関東鉄道車両が休車状態であるが、JRに返却される可能性もある。またJR車も、噂されているつくばセンター線撤退後は関係省庁が許可されれば、東京駅?大阪駅の「超特割青春号」や「青春ドリーム号」辺りへの転用も考えられる。
昨日14時ちょっと前ごろ、つくば市内東大通を常磐道方面へ走る「メガライナー」とと車ですれ違いました。
少なくともつくば新線開業以降も走っているのは、上記サイトの日記からも明らかかと思います。
ただ、昨日のバスが定期運行のバスだったかどうかについては確信は持てません。(回送車両ということもあり得ます)
なお、Wikiの記述は「関東鉄道」所有の一台が休車ということは言っていると取れますが、残り三台のJR所有のものについては言及していないと思われます。